Η ανάγκη για την κατασκευή ενός νέου σύγχρονου μουσείου στο Ασκληπιείο, το οποίο θα διαδεχθεί το πεπαλαιωμένο ανεπαρκές υφιστάμενο, προβλήθηκε ήδη από το 1988 από την Ομάδα Εργασίας για τη Συντήρηση των Μνημείων Επιδαύρου του ΥΠ.ΠΟ. Έγιναν έκτοτε διάφορες προτάσεις για ένα νέο μουσείο, οι οποίες όμως δεν ολοκληρώθηκαν  προκειμένου να προχωρήσει το αναγκαίο αυτό έργο.

Το 2014 η υπόθεση επανήλθε με κοινή απόφαση των Υπουργείων Πολιτισμού και Περιβάλλοντος εντάχθηκε Πράξη στο ΕΣΠΑ – ΤΑΜΕΙΟ ΣΥΝΟΧΗΣ – ΕΚΤ του Υπουργείου Περιβάλλοντος, με υποέργο την “κατασκευή Κτηρίου Έκθεσης για την προβολή της ολοκληρωμένης ιστορίας της Ιατρικής”. Η πράξη αυτή δεν προχώρησε λόγω των δημοσιονομικών προβλημάτων της χώρας που ακολούθησαν.

Από το 2025 προωθείται πλέον με καλές προοπτικές η κατασκευή Νέου Μουσείου. Με αποφάσεις του Υπουργείου Πολιτισμού εγκρίθηκαν α) το κτιριολογικό πρόγραμμα του Νέου Μουσείου στο χώρο αμέσως νότια του σημερινού πάρκινγκ του Ασκληπιείου και β) η εκπόνηση των μελετών για την κατασκευή του σε επίπεδο οριστικής μελέτης.

Η χρηματοδότηση των μελετών θα γίνει από τα Ιδρύματα “Καπετάν Βασίλη και Κάρμεν Κωνσταντακόπουλου”, “ΑΙΓΕΑΣ ΑΜΚΕ”, “Ιωάννη Σ. Λάτση” και “Παύλου και Ιωάννας Κανελλοπούλου”.

Η μουσειολογική μελέτη συντάσσεται από τους Β. Λαμπρινουδάκη και Α. Σφυρόερα. Στο μουσείο θα εκτεθούν όλα τα παλαιά και νέα κινητά ευρήματα από το Ασκληπιείο, την Πόλη της Επιδαύρου, αλλά και από την ευρύτερη περιοχή της με κύριο άξονα της έκθεσης την ιστορία της φροντίδας της υγείας.

Το υφιστάμενο Μουσείο θα αναμορφωθεί σε μουσείο της αρχιτεκτονικής του ιερού.

Οι μερικές αποκαταστάσεις των Προπυλαίων του ιερού και των Ναών Ασκληπιού και Αρτέμιδος θα παραμείνουν ως έχουν στις αίθουσές τους, η μερική αποκατάσταση της Θόλου θα ανασυνταχθεί στην κλειστή τώρα αίθουσά της, η οποία θα ανοίξει και πάλι στο κοινό.

Στις αίθουσες που θα εκκενωθούν από τα κινητά ευρήματα θα εκτεθούν οι 43 σωζόμενες οικοδομικές επιγραφές από το ιερό – οι 41 μέχρι σήμερα στις αποθήκες – τα κείμενα των οποίων παρουσιάζουν την οικοδομική ιστορία των κτιρίων του ιερού, αλλά και το εκπληκτικό σύστημα διαχειριστικού και οικονομικού ελέγχου των τεχνικών έργων που ίσχυε στην Επίδαυρο.