Ο Ασκληπιός πρέπει να έφθασε στην Επίδαυρο πολύ νωρίς από την Τρίκκη της Θεσσαλίας, όπου υπήρχε πανάρχαιο, ιερό του. Φορείς πρέπει να ήταν προδωρικά φύλα τα οποία εγκαταστάθηκαν στην Επιδαυρία από τη Θεσσαλία και τα οποία επέζησαν κατά τους ιστορικούς χρόνους ως μία από τις φυλές των Επιδαυρίων, αυτή των Υρναθίων (→ Αρχαία πόλη). Η σύνδεση Απόλλωνος και Ασκληπιού, που έγιναν στο μύθο πατέρας και γιός, πρέπει να έγινε με βάση τον ζωοδοτικό χαρακτήρα που είχε από την αρχή η τοπική λατρεία του Απόλλωνος Μαλεάτα (→ Ιερό Απόλλωνος Μαλεάτα). Αξίζει να σημειωθεί ότι ένας πανάρχαιος θεός της ίασης, που εμφανίζεται στις παλαιότερες γραπτές πηγές, ο Παιήων, ταυτίσθηκε νωρίς με τον Απόλλωνα στην ιδιότητά του ως θεραπευτή. Και είναι με αυτή την πλευρά του Απόλλωνος που συνδέθηκε η κατεξοχήν θεραπευτική προσωπικότητα του Ασκληπιού.
Οι Επιδαύριοι φρόντισαν να πολιτογραφήσουν αμέσως τον θεραπευτή γιο του Απόλλωνα: Η μητέρα του, έλεγαν, η Κορωνίς, ήλθε ήδη έγκυος από τον Απόλλωνα με τον βασιλιά πατέρα της, τον Φλεγύα, από τη Θεσσαλία στην Επίδαυρο, όπου και γέννησε κρυφά το παιδί της. Φοβούμενη μην αποκαλυφθεί η παράνομη ένωσή της πήγε και άφησε το παιδί της στο βουνό αμέσως βορειοδυτικά του μετέπειτα ιερού του Ασκληπιού, τα σημερινά Θεόκαυτα για να πεθάνει. Μια κατσίκα όμως ξεστράτησε από το κοπάδι της, συνάντησε το βρέφος και το κράτησε στη ζωή με το γάλα της. Ψάχνοντας την κατσίκα του ο βοσκός του κοπαδιού βρήκε τον Ασκληπιό και τον ανέθρεψε. Το όνομα Τίτθιον όρος που είχαν τα Θεόκαυτα στην αρχαιότητα και που σημαίνει το βουνό της τροφού, δείχνει ότι ο θηλασμός του βρέφους Ασκληπιού τοποθετήθηκε κοντά στο νέο χώρο της κοινής με τον θεϊκό πατέρα του λατρείας.
Η ιδιαίτερη σημασία που δόθηκε από την αρχή της αποκάλυψης των εκτεταμένων λειψάνων του αρχαίου ιερού στο σωζόμενο σε ιδιαίτερα καλή κατάσταση θέατρό του καθόρισε και την σημερινή πρόσβαση στα μνημεία του. Η είσοδος στον αρχαιολογικό χώρο γίνεται από την πλευρά του θεάτρου, από την αντίθετη δηλαδή ακριβώς πλευρά από εκείνη που βρισκόταν η αρχαία είσοδος. Σύντομα η λανθασμένη αυτή πρόσβαση στον αρχαιολογικό χώρο θα αρθεί (→ Επίδαυρος → Ασκληπιείο → Αρχαιολογικό πάρκο). Για πρακτικούς λόγους ακολουθείται ακόμα εδώ η ισχύουσα δυνατότητα περιήγησης του ιερού.
Ακολουθώντας το δρόμο που ανοίγεται λίγα μέτρα στα δεξιά της εισόδου του τοπικού μουσείου φθάνει κανείς στην αρχή του οριοθετημένου διαδρόμου επισκεπτών του ιερού. Προχωρώντας προς το κέντρο του ιερού βλέπει στα δεξιά του τα ερείπια ενός πολύ μεγάλου τετράγωνου κτιρίου. Στις αρχαίες πηγές δεν αναφέρεται, η έρευνα όμως το ταυτίζει με ξενώνα – καταγώγια αποκαλούσαν τα κτίρια αυτά οι αρχαίοι – στον οποίο έμεναν οι πολυπληθείς επισκέπτες του ιερού. Το καταγώγιο κατασκευάσθηκε στο τέλος του 4ου π.Χ. αιώνα, είχε εμβαδόν 5822 μ2 και χωριζόταν σε τέσσερα όμοια διαμερίσματα, το καθένα από τα οποία είχε γύρω από μια περίστυλη αυλή δωμάτια σε ισόγειο και πιθανότατα όροφο. Υπολογίσθηκε ότι συνολικά το κτίριο διέθετε 160 δωμάτια. Αξίζει να σημειωθεί ότι στην αρχική μορφή του συγκροτήματος τα διαμερίσματα δεν επικοινωνούσαν όλα μεταξύ τους, αλλά μόνον ανά δύο, δηλαδή τα δύο βόρεια και τα δύο νότια.
Στα δυτικά του ιερού και σε απόσταση 250 περίπου μέτρων από το στάδιο εκτείνονται από τα βορειοανατολικά προς τα νοτιοδυτικά τα λείψανα ενός μεγάλου, ιδιαίτερα επιμήκους (περ. 34 x 240 μ.) συγκροτήματος, το οποίο κατασκευάσθηκε κατά τους χρόνους της ακμής του ιερού,
πιθανότατα τον 3ο π.Χ. αιώνα. Από ένα πρόπυλο στη βορειοανατολική του γωνία, προσανατολισμένο προς το ιερό, εισερχόταν κανείς σε ένα εκτεταμένο επιμήκη περίβολο με στοά στη μία πλευρά του, στο άλλο άκρο της οποίας ήταν προσαρτημένη τετράγωνη αυλή με υδραυλικές εγκαταστάσεις και βοηθητικούς χώρους. Το συγκρότημα υπέστη επισκευές κατά την Ρωμαιοκρατία. Η μορφή του το χαρακτηρίζει ως αγορά, η οποία εξυπηρετούσε ασφαλώς τις καθημερινές ανάγκες των πολυπληθών επισκεπτών του ιερού, αλλά ανταποκρινόταν και στη ζήτηση ειδικών αντικειμένων λατρείας από τους προσκυνητές. Τα ερείπιά της αγοράς βρίσκονται ακόμη εκτός του περιφραγμένου χώρου, εκατέρωθεν της οδού λίγο πριν φθάσει κανείς στον χώρο στάθμευσης, προβλέπεται όμως σύντομα να περιληφθούν σε νέα, ευρύτερη περίφραξη, που θα περιλαμβάνει όλες τις εγκαταστάσεις του ιερού.
Περί τα 2 χλμ. νοτιοδυτικά του σταδίου βρισκόταν ο ιππόδρομος του ιερού, η ύπαρξη του οποίου από τον 5ο π.Χ. αιώνα μαρτυρείται επιγραφικά. Οι ιππόδρομοι ήταν επίπεδοι χώροι πλάτους ενός και μήκους δύο σταδίων (περ. 185 x 370 μ.), οριοθετημένοι με χαμηλό τοίχο ή λίθινα ορόσημα, με εγκατάσταση από την οποία ξεκινούσαν οι διαγωνιζόμενοι στη μία στενή πλευρά και μια στήλη στην άλλη, τον καμπτήρα, γύρω από την οποία γύριζαν τα άλογα για να καλύψουν αντίστροφα την απόσταση προς το σημείο από το οποίο ξεκίνησαν. Κάπως έτσι πρέπει να φαντασθούμε και τον ιππόδρομο του Ασκληπιείου. Ο δρόμος του, από τον οποίο δεν έχει αποκαλυφθεί τίποτε, πρέπει να βρισκόταν αμέσως δυτικά του ρέματος Βαθύ, στο σημείο όπου ανέβλυζε πηγή (σήμερα πηγάδι). Στα βόρεια όμως του ρέματος σώθηκαν τμήματα δυο μακρών, παράλληλων λίθινων τοίχων, που απείχαν μεταξύ τους 31 μ. και που πρέπει να οριοθετούσαν τον ευρύ δρόμο που οδηγούσε από το ιερό στον ιππόδρομο.
Το Ασκληπιείο και το ιερό του Απόλλωνος Μαλεάτα αποτέλεσαν από την ίδρυση του πρώτου μέχρι το τέλος της αρχαίας θρησκείας ένα ενιαίο ιερό, το Ιερόν Απόλλωνος Μαλεάτα και Ασκλαπιού, όπως μαρτυρούν οι επιγραφές. Ο χώρος μεταξύ των δύο καλυπτόταν από το άλσος του ιερού, το οποίο και τα ενοποιούσε. Ο χώρος αυτός δεν ήταν κενός από μνημεία. Το σημαντικότερο από αυτά ήταν το αναφερόμενο από τον Παυσανία ιερό της Αφροδίτης και της Θέμιδος. Λίγα μέτρα δεξιά από τον αγροτικό δρόμο που οδηγεί από τα προπύλαια του Ασκληπιείου, έξω από την περίφραξη του αρχαιολογικού χώρου, στο εξωκλήσι της Αγίας Άννας, στο ύψος μιας μεγάλης ελληνιστικής δεξαμενής που σώζεται – ακάλυπτη σήμερα – σε αρκετά καλή κατάσταση, ο επισκέπτης μπορεί να βρει μέσα σε ιδιωτικό αγρό την κρηπίδα ενός ναού της Αφροδίτης, που κατασκευάσθηκε περί το 300 π.Χ.